En su interior se halla el Mausoleo de los Reyes de Navarra (s. XV), en cuya Cripta de Oro descansan los restos de los monarcas navarros.

Destacan el sepulcro de Carlos III el Noble y de su esposa Leonor, los retablos goticos del Santo Cristo, de Santo Tomas y de San Juan Evangelista, entre otros muchos retablos de los sigos XVII y XVIII.